Управління ліцеєм здійснюється його засновником - ІЗЮМСЬКОЇ РАЙОННОЮ РАДОЮ ХАРКІВСЬКОЇ ОБЛАСТІ та уповноваженим органом - ВІДДІЛОМ ОСВІТИ ІЗЮМСЬКОЇ РАЙОННОЇ ДЕРЖАВНОЇ АДМІНІСТАРЦІЇ відповідно до переданих повноважень. Безпосереднє керівництво навчальним закладом здійснює директор.
Посаду директора може займати особа, яка є громадянином України, має вищу педагогічну освіту на рівні спеціаліста або магістра, стаж педагогічної роботи не менше трьох років, успішно пройшла атестацію керівних кадрів освіти у порядку, встановленому центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування державної політики у сфері освіти. Директор НВК призначається на посаду начальником ВІДДІЛУ ОСВІТИ ІЗЮМСЬКОЇ РАЙОННОЇ ДЕРЖАВНОЇ АДМІНІСТАРЦІЇ за попереднім погодженням з головою ІЗЮМСЬКОЇ РАЙОННОЇ ДЕРЖАВНОЇ АДМІНІСТРАЦІЇ та головою ІЗЮМСЬКОЇ РАЙОННОЇ РАДИ ХАРКІВСЬКОЇ ОБЛАСТІ.
